自生石英多是由蛋白石经玉髓阶段重结晶而来,也有从溶液中直接缓慢沉淀而成的。自生石英的主要特征是外形没有任何磨蚀痕迹,彼此间常呈镶嵌状,有时呈自形晶体,有时外形与其所在空间相适应。
自生石英呈次生加大边产出,次生加大边光洁透亮,与所围绕的石英颗粒的成分、光性方位相同,但它们之间常有一圈铁或黏土的薄膜分隔。